เบื้องต้นเริ่มจากการเพาะเลี้ยงพ่อแม่พันธุ์กุ้งกุลาดำปลอดโรค เพื่อใช้ทดแทนพ่อแม่พันธุ์ธรรมชาติที่มีน้อย แก้ปัญหาคุณภาพลูกกุ้ง และการเกิดโรคติดเชื้อไวรัสที่เกิดกับแม่พันธุ์ธรรมชาติได้ ซึ่งการเลี้ยงพ่อแม่พันธุ์กุ้งกุลาดำปลอดโรคของศูนย์วิจัยและพัฒนาสายพันธุ์กุ้ง จะทำในระบบปลอดภัยทางชีวภาพ มีการพัฒนาสายพันธุ์ด้วยการนำกุ้งกุลาดำจากที่ต่าง ๆ ในธรรมชาติมาเข้ากระบวนการ ตั้งแต่หน่วยกักกันโรคที่มีหน้าที่กรองและคัดทิ้งกุ้งที่ติดโรคเพื่อสร้างความมั่นใจว่ากุ้งที่นำมาสู่ระบบจะไม่มีเชื้อโรคติดต่ออย่างน้อย 2 รุ่น หลังจากนั้นจะส่งไปยังศูนย์ผสมและคัดเลือกสายพันธุ์ และศูนย์เพิ่มจำนวนพ่อแม่พันธุ์กุ้ง
เมื่อได้พ่อแม่พันธุ์กุ้งกุลาดำแล้ว ได้มีการนำไปคัดเลือกหาพ่อแม่พันธุ์ที่ดีที่สุดในรุ่นนั้น ๆ เพื่อให้เกิดการปรับปรุงสายพันธุ์กุ้งที่ดีขึ้นเรื่อย ๆ จากนั้นจึงค่อยนำไปสู่ขั้นตอนการคัดเลือกลูกกุ้งจากครอบครัวที่ดี และส่งไปยังศูนย์เพิ่มจำนวนพ่อแม่พันธุ์ที่จะมีหน้าที่เลี้ยงลูกกุ้งจนโตเป็นพ่อพันธุ์แม่พันธุ์ แล้วจึงส่งให้โรงเพาะฟักนำไปผลิตเป็นลูกกุ้งเพื่อส่งให้กับเกษตรกรต่อไป
เทคโนโลยีการเลี้ยงพ่อแม่พันธุ์กุ้งกุลาดำของศูนย์วิจัยแห่งนี้ ช่วยทำให้กุ้งกุลาดำเติบโตเร็วขึ้น ต้านทานโรค และยังมีความอึด ทนทานต่อสิ่งแวดล้อมมากขึ้นจนเป็นที่พอใจของเกษตรกรทั้งในและต่างประเทศ
นอกจากนี้ไบโอเทค สวทช. ยังมีการตั้งทีมวิจัยและพัฒนาบริการด้านเลี้ยงสัตว์น้ำ (Aquaculture Service Development Research Team: AQST)ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2548 ซึ่งมีการสนับสนุนผู้ที่เกี่ยวข้องกับอุตสาหกรรมกุ้ง เช่น ให้คำปรึกษาแก่เอกชนในด้านต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้องกับการเลี้ยงกุ้งและสัตว์น้ำชนิดอื่นเพื่อศึกษาต่อยอดงานวิจัย รวมถึงการให้บริการรับจ้างวิจัย
สำหรับอาหารในการเพาะเลี้ยงกุ้ง ซึ่งข้อมูลจากสมาคมผู้ผลิตอาหารสัตว์ไทยเมื่อปี พ.ศ. 2561 พบว่า อุตสาหกรรมเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำกุ้งและปลามีความจำเป็นต้องใช้ปริมาณอาหารในการเพาะเลี้ยงอยู่ที่ประมาณ 1 ล้านตันต่อปี คิดเป็นมูลค่าประมาณ 32,000 ล้านบาท แบ่งเป็นอุตสาหกรรมอาหารเลี้ยงกุ้งถึง 19,000 ล้านบาท และอาหารเลี้ยงปลา 13,000 ล้านบาท
ทั้งนี้ปัจจุบันการให้อาหารสัตว์น้ำ มักพบปัญหาสัตว์น้ำในวัยอนุบาลต้องการสารอาหารที่ย่อยง่าย ดูดซึมได้อย่างรวดเร็ว แต่สารสำคัญหลายชนิดมีความไม่คงตัว มักจะละลายไปกับน้ำเมื่อให้อาหาร นอกจากนี้อาหารสัตว์น้ำที่เติมเอนไซม์หรือฮอร์โมนที่ช่วยในการเจริญเติบโต มักจะไม่เสถียรในกระบวนการผลิตดั้งเดิมที่ต้องใช้อุณหภูมิสูง ประกอบกับนโยบายของสหภาพยุโรปที่ลดการใช้ปลาเป็นวัตถุดิบในอาหารสัตว์ ผู้ประกอบการหลายรายพยายามในการพัฒนาสูตร แต่มักมีข้อจำกัดทั้งทางด้านต้นทุนและวัตถุดิบทดแทนปลา