Archives: คลังความรู้

วารสารเข้าถึงแบบเปิดมีเนื้อหาให้ฟรีบนเว็บไซต์และเก็บค่าใช้จ่ายกับนักวิจัยที่จะนำผลงานมาเผยแพร่ ส่วนวารสารแบบดั้งเดิมส่วนใหญ่เก็บค่าใช้จ่ายที่สูงกับผู้อ่านเพื่อเข้าถึงเนื้อหาของวารสาร

1. ความสามารถในการมองเห็น (Visibility)

เผยแพร่บทความในวารสารเข้าถึงแบบเปิดจะมีคนเห็นบทความนั้นมากกว่าเพราะมีคนมากกว่าที่สามารถเข้าถึงบทความนั้นได้  ถึงแม้ว่ายังไม่แน่นอนว่าการเพิ่มขึ้นในการดาวน์โหลดและผู้เยี่ยมชมทำให้อัตราการอ้างอิงเพิ่มขึ้นหรือไม่ การมองเห็นที่มากกว่าที่เกิดขึ้นกับการเข้าถึงแบบเปิดอาจทำให้พบผู้ร่วมงานที่มีศักยภาพง่ายขึ้น นอกจากนี้บทความจะมีให้กับครูและสาธารณชนที่ส่วนใหญ่ไม่บอกรับเป็นสมาชิกวารสารที่มีค่าสมาชิกแพง

2. ค่าใช้จ่าย

ทั้งวารสารแบบดั้งเดิมและวารสารเข้าถึงแบบเปิดมีค่าใช้จ่ายน้อยในขั้นตอน submission ซึ่งรวมค่าใช้จ่ายในการ peer-review และ editorial แต่มีความแตกต่างในค่าใช้จ่ายหลังจาก acceptance

วารสารแบบดั้งเดิมทั่วไปเก็บค่าใช้จ่ายต่อหน้า (บ่อยๆ 100-250 ดอลลาร์ต่อหน้า) และหรือต่อรูปสี (150-1000 ดอลลาร์ต่อรูป)  อย่างไรก็ตามวารสารเข้าถึงแบบเปิดคิดค่าใช้จ่ายตามการดำเนินการบทความ

นอกจากนี้มีค่าใช้จ่ายในการบอกรับเป็นสมาชิก (subscription) บางการบอกรับเป็นสมาชิกทางวิชาการมีค่าใช้จ่ายถึง 40,000 ดอลลาร์ เพื่อการเข้าถึงบทความแบบออนไลน์ ค่าใช้จ่ายที่สูงมากๆ นี้อาจเป็นสาเหตุให้บางห้องสมุดยกเลิกการบอกรับเป็นสมาชิก ตัวอย่างเช่น ค่าใช้จ่ายที่สูงในการบอกรับเป็นสมาชิกทำให้มหาวิทยาลัย Harvard กระตุ้นให้บุคลากรพิจารณาส่งบทความไปยังวารสารเข้าถึงแบบเปิดหรือไปยังวารสารที่มีค่าใช้จ่ายในการบอกรับเป็นสมาชิกที่สมเหตุผล

3. ชื่อเสียง

นักวิจัยบางคนไม่อยากที่จะเผยแพร่ในวารสารเข้าถึงแบบเปิดเพราะไม่เป็นที่รู้จักมากเท่าบางวารสารที่ใหญ่กว่าและมีความมั่นคงกว่า อย่างแท้จริงเหตุผลทั่วไปมากที่สุดซึ่งถูกพูดโดยผู้แต่งทางวิทยาศาสตร์และมนุษยศาสตร์หรือวิทยาศาสตร์สังคมสำหรับการไม่ตัดสินใจเผยแพร่ในวารสารเข้าถึงแบบเปิดคือคุณภาพของการเผยแพร่แบบเข้าถึงแบบเปิด นอกจากนี้หลายวารสารเข้าถึงแบบเปิดเป็นวารสารใหม่และยังไม่มีค่า impact factor (IF)

อย่างไรก็ตามวารสารเข้าถึงแบบเปิดที่มีค่า IF สูงมีอยู่ในหลายสาขา ในสาขาชีววิทยา วารสารเข้าถึงแบบเปิด PLOS Biology, BMC Biology และ PLOS ONE มีค่า IF เป็นที่ 1 ที่ 4 และที่ 10 ตามลำดับ ในปี 2009 ข้อมูลจากรายงานการอ้างอิงวารสาร (Journal Citation Reports) นอกจากนี้ในปีเดียวกันในสาขาคณิตศาสตร์และชีววิทยาคอมพิวเตอร์ วารสาร PLOS Computational Biology, BMC Systems Biology และ BMC Bioinformatics มีค่า IF เป็นที่ 1 ที่ 3 และที่ 4 ตามลำดับ

ความจริงยังคงเป็นว่าบุคลากรมหาวิทยาลัยยังคงให้ความสำคัญกับวารสารที่มีชื่อเสียงเพราะการเผยแพร่ในวารสารเหล่านั้นทำให้เพิ่มโอกาสในการเลื่อนตำแหน่ง และโอกาสในการได้รับทุน

4. ความเร็ว

จากการสำรวจหนึ่งพบว่าประมาณ 65-70% ของผู้แต่งทางวิทยาศาสตร์พิจารณาว่าความเร็วจาก acceptance ถึง publication มีความสำคัญมากหรือมีความสำคัญทีเดียวในการตัดสินใจว่าจะเผยแพร่ในวารสารไหน ในขณะที่ประมาณ 80-85% ของผู้แต่งเหล่านี้เชื่อว่าความเร็วจาก submission ถึง first decision มีความสำคัญมากหรือความสำคัญทีเดียวในการตัดสินใจว่าจะเผยแพร่ในวารสารไหน

อย่างแน่นอนการเผยแพร่ในวารสารที่มีการ peer-review จะเสมอทำให้เกิดการล่าช้าตั้งแต่ขั้นตอน submission ถึง acceptance และในที่สุดถึง publication นี้จะเป็นปัญหาในทางวิทยาศาสตร์คลินิก ดังเช่นการเผยแพร่ผลการศึกษาล้าหลังการทดลองที่เสร็จโดยค่าเฉลี่ย 21 เดือน การล่าช้านี้ในการเผยแพร่ข้อมูลใหม่สามารถมีผลเสียหลายอย่างกับผู้ป่วยที่กำลังรอการรักษา

ตามปกติวิธีแบบดั้งเดิมของการเผยแพร่บทความทำให้เกิดการล่าช้าที่สำคัญเนื่องจากความจำเป็นที่จะต้องรวมบทความเป็นฉบับ เก็บรวบรวมบทความที่สามารถเผยแพร่ได้เนื่องจากข้อจำกัดในเรื่องเนื้อที่ เวลาที่ต้องการเพื่อพิมพ์สำเนาของวารสารและเผยแพร่

หลายวารสารเข้าถึงแบบเปิดมีการโฆษณาในคำแถลงของภารกิจว่ามีขวบนการการเผยแพร่ที่รวดเร็วกว่า เช่น วารสาร PLOS ONE มีคำแถลงว่าเร่งการเผยแพร่บทความทางวิทยาศาสตร์ที่มีการ peer-review การศึกษาเมื่อเร็วๆ นี้ทดสอบ 135 วารสารที่มีอยู่ใน Scopus citation index และแสดงว่าเวลาตั้งแต่ขั้นตอน acceptance ถึง publication สั้นกว่าอย่างชัดเจนสำหรับวารสารเข้าถึงแบบเปิดเมื่อเปรียบเทียบกับวารสารแบบดั้งเดิม

ดังนั้นถ้าความเร็วเป็นปัจจัยสำคัญในการตัดสินใจว่าจะเลือกเผยแพร่ที่ไหน วารสารเข้าถึงแบบเปิดอาจเป็นตัวเลือกที่ดีที่สุด

ประเด็นอื่นเพื่อพิจารณาในการตัดสินใจ

เนื่องจากมีหลายวารสารที่มีค่า IF สูงในสาขาวิทยาศาสตร์ชีวภาพและวิทยาศาสตร์คลินิก ดังนั้นการเผยแพร่ในวารสารเข้าถึงแบบเปิดจึงเป็นตัวเลือกที่ดีสำหรับนักวิจัยในสาขาเหล่านั้น ส่วนนักวิจัยในสาขาอื่นๆ อาจหันไปเผยแพร่ในวารสารแบบดั้งเดิมซึ่งเป็นที่รู้จักและน่าเชื่อถือ

การเข้าถึงแบบเปิดกำลังมีบทบาทมากในการเผยแพร่เนื่องจากวารสารแบบดั้งเดิมมีการนำการเข้าถึงแบบเปิดมาผสม วารสารเหล่านี้ทำให้ผู้แต่งต้องจ่ายค่าใช้จ่ายเพิ่มสำหรับการเข้าถึงแบบเปิดเพื่อทำให้สามารถเข้าถึงบทความได้ฟรี ตัวอย่างเช่น วารสาร PNAS เก็บค่าใช้จ่ายจากผู้แต่งเป็นเงิน 1350 ดอลลาร์ (1000 ดอลลาร์ ถ้าสถาบันบอกรับเป็นสมาชิกวารสารนั้น) นอกเหนือจากค่าใช้จ่ายตามปกติเพื่อทำให้บทความสามารถเข้าถึงได้แบบเปิด

ดังนั้นไม่จำเป็นต้องเลือกระหว่างวารสารเข้าถึงแบบเปิดและวารสารแบบดั้งเดิม การเผยแพร่ในวารสารแบบผสมที่มีค่า IF สูงน่าจะเป็นทางเลือกที่ดีที่สุด (รวมระหว่างความสามารถมองเห็นได้สูงของวารสารเข้าถึงแบบเปิดและความเป็นที่รู้จักของวารสารแบบดั้งเดิม) 

ที่มา: Sarah Conte. Making the Choice: Open Access vs. Traditional Journals. American Journal Experts. Retrieved August 24, 2018, from https://www.aje.com/en/arc/making-the-choice-open-access-vs-traditional-journals/

คณะนักวิจัยจาก Melbourne’s Walter and Eliza Hall Institute และ Howard Hughes Medical Institute (US) ใช้เทคโนโลยีที่ได้รับรางวัลโนเบลได้แก่ cryo-EM (cryo-electron microscopy) เพื่อศึกษาการสัมผัสระหว่างเชื้อมาลาเรีย Plasmodium vivax และเซลล์เม็ดเลือดแดงที่อายุน้อย ซึ่งบุกรุกเพื่อเริ่มการแพร่กระจายของเชื้อมาลาเรียไปทั่วร่างกาย การค้นพบครั้งนี้เผยแพร่ในวารสาร Nature

ก่อนหน้านี้ คณะนักวิจัยค้นพบว่าเชื้อมาลาเรีย P. vivax ใช้ตัวรับ transferrin ของคนเพื่อเข้าถึงเซลล์เม็ดเลือดแดง การศึกษาครั้งนั้นเผยแพร่ในวารสาร Science ขณะนี้โดยใช้ cryo-EM รองศาสตราจารย์ Wai-Hong Tham หนึ่งในคณะนักวิจัย กล่าวว่า คณะนักวิจัยสามารถเอาชนะความยากทางเทคนิค โดยสามารถมองเห็นการกระทำนั้นที่ระดับอะตอม

รองศาสตราจารย์ Tham กล่าวว่า ขณะนี้สามารถศึกษาระดับอะตอมของเชื้อมาลาเรีย P. vivax มีปฏิกิริยาต่อ (interact) ตัวรับ transferrin ของคนอย่างไร นี้จะเป็นขั้นตอนที่สำคัญที่จะก้าวสู่การพัฒนายาต้านมาลาเรียและวัคซีนที่มีประสิทธิภาพ cryo-EM ทำให้นักวิจัยสามารถเห็นโครงสร้างซึ่งใหญ่และซับซ้อนมาก

รองศาสตราจารย์ Tham กล่าวว่า เป็นเรื่องยากที่จะพัฒนาวัคซีน เนื่องจากเชื้อมาลาเรีย P. vivax มีความหลากหลายมาก ขณะนี้ค้นพบเครื่องมือระดับโมเลกุลซึ่งจะเป็นเป้าหมายที่ดีที่สุดสำหรับวัคซีนต้านมาลาเรียที่มีประสิทธิภาพต่อเชื้อมาลาเรีย P. vivax ที่หลากหลายมากที่สุด

ที่มา: Walter and Eliza Hall Institute (2018, June 27). First malaria-human contact mapped with Nobel Prize-winning technology. ScienceDaily. Retrieved August 15, 2018, from https://www.sciencedaily.com/releases/2018/06/180627160511.htm

คณะนักวิจัยจาก University of Alberta ค้นพบเป้าหมายในการรักษาซึ่งสามารถเป็นหลักในการป้องกันการแพร่กระจายของมะเร็ง การค้นพบครั้งนี้เผยแพร่ในวารสาร Nature Communications

คณะนักวิจัยใช้ตัวอ่อนสัตว์ปีกที่ไม่มีเยื่อหุ้ม (shell-less avian embryo) เพื่อดูการเจริญและการแพร่กระจายของเซลล์มะเร็งแบบ real time และใช้เครื่องมือระดับโมเลกุลที่มีชื่อว่า knockout library เพื่อใส่เวกเตอร์ short hairpin RNA (shRNA) เข้าไปในเซลล์มะเร็ง ซึ่งเวกเตอร์จะจับกับยีนที่จำเพาะในเซลล์มะเร็งและหยุดยีนเหล่านั้นจากการกระตุ้น ต่อมาใส่เซลล์มะเร็งเหล่านั้นเข้าไปในตัวอ่อนและสังเกตในขณะที่เซลล์มะเร็งสร้างกลุ่มมะเร็ง แล้วแสดงว่ากลุ่มมะเร็งไหนมีคุณสมบัติไม่สามารถแพร่กระจาย

Konstantin Stoletov หนึ่งในคณะนักวิจัย กล่าวว่า เมื่อพบ compact colonies ของมะเร็งหมายความว่าทุกขั้นตอนไปยังการแพร่กระจายถูกห้าม หลังจากนั้นศึกษา colonies เหล่านั้นว่ามียีนอะไร และต่อมาตรวจสอบว่ายีนนั้นเกี่ยวข้องกับการแพร่กระจายจริงๆ

วิธีนี้ทำให้คณะนักวิจัยค้นพบ 11 ยีนซึ่งมีส่วนเกี่ยวข้องที่สำคัญกับการแพร่กระจายของเซลล์มะเร็ง ซึ่งยีนเหล่านี้เกี่ยวข้องอย่างกว้างๆ ในขบวนการการแพร่กระจายและไม่จำเพาะกับมะเร็งชนิดไหน

ที่มา: University of Alberta Faculty of Medicine & Dentistry (2018, June 20). Putting the brakes on metastatic cancer. ScienceDaily. Retrieved August 15, 2018, from https://www.sciencedaily.com/releases/2018/06/180620125909.htm

คณะนักวิจัยจาก Penn State และ Albert Einstein College of Medicine แสดงกลไกการทำงานของ viperin ซึ่งเป็นเอนไซม์ที่เกิดขึ้นในธรรมชาติในคนและสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมอื่นๆ ซึ่งมีผลต่อต้านไวรัสหลายชนิด ได้แก่ West Nile ตับอักเสบซี พิษสุนัขบ้า และเอชไอวี

เอนไซม์ช่วยให้เกิดปฏิกิริยาซึ่งผลิตโมเลกุล ddhCTP ซึ่งป้องกันไวรัสจากการทำสำเนาสารพันธุกรรมและดังนั้นจากการเพิ่มจำนวน การค้นพบนี้สามารถทำให้นักวิจัยพัฒนายาซึ่งชักนำให้ร่างกายคนผลิตโมเลกุลนี้และสามารถเป็นการรักษาได้กว้างสำหรับไวรัสหลายตัว การศึกษาครั้งนี้เผยแพร่ในวารสาร Nature

ไวรัสทั่วไปใช้ส่วนประกอบทางพันธุกรรมของเจ้าบ้านเพื่อทำสำเนาสารพันธุกรรมของตัวเอง คือการเติมโมเลกุลที่เรียกว่า nucleotide เข้าไปในสายอาร์เอ็นเอ โมเลกุล ddhCTP เลียนแบบ nucleotide เหล่านี้และดังนั้นเข้าไปอยู่ในสายอาร์เอ็นเอของไวรัส และป้องกันเอนไซม์ RNA polymerase จากการเติม nucleotide เข้าไปในสาย ดังนั้นป้องกันไวรัสจากการทำสำเนาสารพันธุกรรม จึงทำให้ไวรัสเพิ่มจำนวนไม่ได้

รองศาสตราจารย์ Jamie Arnold หนึ่งในคณะนักวิจัย กล่าวว่า อุปสรรคหลักของการพัฒนา nucleotide ต้านไวรัสที่มีประโยชน์ในการรักษาคือ การออกฤทธิ์ไม่ตรงเป้าหมาย ตัวอย่างเช่น เมื่อสองสามปีที่ผ่านมา ค้นพบว่าโมเลกุลเลียนแบบ nucleotide ซึ่งถูกพัฒนาเพื่อการรักษาตับอับเสบซีสามารถขัดขวางการผลิตอาร์เอ็นเอใน mitochondria ของเซลล์ของผู้ป่วย

อย่างไรก็ตามโมเลกุล ddhCTP ไม่พบว่าออกฤทธิ์ไม่ตรงเป้าหมาย คณะนักวิจัยคาดว่าการเกิดขึ้นในธรรมชาติของสารประกอบนั้นภายในร่างกายคนทำให้ไม่มีพิษ

เพื่อประเมินประสิทธิภาพของ ddhCTP คณะนักวิจัยแสดงว่าโมเลกุลยับยั้งเอนไซม์ RNA polymerase ของไวรัสไข้เลือดออก ไวรัส West Nile และไวรัส Zika ทั้งหมดอยู่ในกลุ่มไวรัสที่เรียกว่า flaviviruses ต่อมาได้ค้นหาว่าโมเลกุลยับยั้งการทำสำเนาสารพันธุกรรมของไวรัส Zika ในเซลล์มีชีวิตหรือไม่

ผู้ช่วยศาสตราจารย์ Joyce Jose หนึ่งในคณะนักวิจัย กล่าวว่า โมเลกุลยับยั้งโดยตรงการทำสำเนาสารพันธุกรรมของไวรัส Zika 3 สายพันธุ์ โดยมีประสิทธิภาพเท่าๆ กันต่อสายพันธุ์ต้นกำเนิดจากปี 1947 และต่ออีก 2 สายพันธุ์จากการระบาดเมื่อเร็วๆ นี้ปี 2016 นี้เป็นเรื่องน่าตื่นเต้นเพราะยังไม่มีวิธีรักษาสำหรับ Zika

โดยสรุปผลการศึกษาแสดงผลต้านไวรัสหลายตัวของ flaviviruses ของ ddhCTP แต่เอนไซม์ RNA polymerase ของไวรัสไรโน (rhinovirus) และไวรัสโปลิโอของคน ซึ่งจัดอยู่ในกลุ่มที่เรียกว่า picornaviruses ไม่ถูกยับยั้งด้วยโมเลกุล คณะนักวิจัยวางแผนที่จะศึกษาโครงสร้าง polymerase ของไวรัสเหล่านี้เพื่อให้เข้าใจดีขึ้นทำไม flaviviruses จึงถูกยับยั้งโดย ddhCTP ในขณะที่ picornaviruses ไม่ถูกยับยั้ง การศึกษานี้ยังอาจจะทำให้เข้าใจว่า flaviviruses อาจพัฒนาการดื้อต่อโมเลกุลอย่างไร

ที่มา: Penn State (2018, June 20). Compound made inside human body stops viruses from replicating. ScienceDaily. Retrieved August 15, 2018, from https://www.sciencedaily.com/releases/2018/06/180620150150.htm

คณะนักวิจัยจาก Department of Energy’s Joint BioEnergy Institute ได้พัฒนาวิธีใหม่ในการสังเคราะห์ดีเอ็นเอที่ รวดเร็วกว่า ถูกกว่าและถูกต้องมากกว่า งานวิจัยครั้งนี้ถูกเผยแพร่ในวารสาร Nature Biotechnology

ตามปกติเอนไซม์ที่ใช้ในการสังเคราะห์ดีเอ็นเอคือ TdT (terminal deoxynucleotidyl transferase) และ nucleotide (องค์ประกอบย่อยของดีเอ็นเอ) ที่ใช้จะต้องมีกลุ่มห้าม (blocking group) อย่างไรก็ตามมีปัญหาว่าบริเวณเร่งของเอนไซม์ไม่ใหญ่พอที่ nucleotide ที่มีกลุ่มห้ามจะเข้าไป Daniel Arlow หนึ่งในคณะนักวิจัย กล่าวว่า นักวิจัยพยายามที่จะขยายช่องในเอนไซม์โดยทำให้เกิดการกลายพันธุ์เพื่อทำให้มีบริเวณสำหรับกลุ่มห้าม ซึ่งเป็นเรื่องที่ยากเพราะต้องขยายบริเวณและต้องไม่ทำให้การทำหน้าที่ของเอนไซม์เสียไป

Arlow กล่าวว่า แทนที่จะขยายบริเวณในเอนไซม์ สิ่งที่ทำคือทำให้หนึ่ง nucleotide ติดกับแต่ละเอนไซม์ TdT ด้วยตัวเชื่อมที่ตัดออกได้  ด้วยวิธีนี้หลังจากสังเคราะห์เพิ่มโมเลกุลดีเอ็นเอโดยใช้ nucleotide ที่ถูกเชื่อมติด เอนไซม์จะไม่มี nucleotide อื่นเพื่อเพิ่มเข้าไปในสายดีเอ็นเอ ดังนั้นเอนไซม์จึงหยุด ข้อดีหลักของวิธีนี้คือ แกนหลัก (backbone) ของดีเอ็นเอ เหมือนกับดีเอ็นเอในธรรมชาติ

เมื่อ nucleotide ถูกเติมเข้าไปในสายดีเอ็นเอ เอนไซม์จะถูกตัดออก ต่อจากนั้นรอบใหม่สามารถเริ่มอีกครั้งด้วย nucleotide ตัวถัดไปเชื่อมติดกับอีกหนึ่งเอนไซม์ TdT

ที่มา:  DOE/Lawrence Berkeley National Laboratory (2018, June 18). Faster, cheaper, better: A new way to synthesize DNA. ScienceDaily. Retrieved August 10, 2018, from https://www.sciencedaily.com/releases/2018/06/180618163842.htm