โรคพืช

โรคพืชที่สำคัญ คือ โรคใบจุดสีม่วง (เชื้อรา Alternaria porri (Ell.) Cif) โรคเน่า (เชื้อรา Sclerotium rolfsii)  และโรคหอมเลื้อย (เชื้อรา Colletotrichum gloeosporioides)

โรคเน่า
โรคใบจุดสีม่วง

การป้องกันและจัดการโรคของหอมแขก
1. ก่อนปลูก ไถตากดิน 2-3 ครั้ง เพื่อลดปริมาณเชื้อราที่เป็นสาเหตุโรคในดิน ปรับสภาพดินด้วยปูนขาวเพื่อให้มีค่าความเป็นกรดด่างอยู่ระหว่าง 6.5-7 (เหมาะสมต่อการเจริญเติบโตของหอมแขก)
2. ใช้ส่วนการขยายพันธุ์ที่ไม่เป็นโรค เช่น แช่หัวพันธุ์หรือต้นกล้าก่อนปลูกด้วยไตรโคเดอร์มา หรือสารป้องกันกำจัดเชื้อรา เช่น โปรคลอราช 50% WP อัตรา 40 กรัมต่อน้ำ 20 ลิตร นาน 15-20 นาที
3. การปลูกหอมในฤดูฝน ควรยกร่องปลูก เพื่อให้ระบายน้ำได้ดี และหากมีน้ำขังให้รีบระบายน้ำออกทันที
4. ไม่ควรใส่ปุ๋ยไนโตรเจนมากเกินไปเพราะจะทำให้หอมอ่อนแอ เสี่ยงต่อการเข้าทำลายของเชื้อสาเหตุโรค
5. หากพบต้นที่ติดเชื้อควรรีบเก็บต้นหรือใบที่เป็นโรคออกทำลายนอกแปลง เพื่อลดการแพร่กระจายของเชื้อโรค
6. ตรวจแปลงสม่ำเสมอ ใช้ชีวภัณฑ์ เช่น เชื้อราไตรโคเดอร์มา อัตราการใช้ 200 มิลลิลิตรต่อน้ำ 20 ลิตร ฉีดพ่นทุก 7 วัน หากระบาดหนักให้ฉีดพ่นทุก 4 วัน ติดต่อกัน 3 ครั้ง
7. ใช้สารเคมีเมื่อเริ่มพบการระบาดของโรค ควรพ่นด้วยสารป้องกันกำจัดเชื้อรา เช่น แมนโคเซบ 80% ดับบลิวพี อัตรา 40-50 กรัมต่อน้ำ 20 ลิตร โปรคลอราช 50% ดับบลิวพีอัตรา 20 กรัมต่อน้ำ 20 ลิตร หรือไดฟิโคนาโซล 25% อีซีอัตรา 15-20 มิลลิลิตรต่อน้ำ 20 ลิตร โดยพ่นเมื่อพบโรค หากยังไม่หยุดระบาด ให้เพิ่มระยะเวลาการฉีดพ่นให้ถี่ขึ้นเป็นทุก 3-5 วัน  สำหรับโปรคลอราชไม่ควรพ่นเกิน 4 ครั้งติดต่อกัน และควรพ่นสลับกับแมนโคเซบ เพื่อป้องกันการดื้อยา
7. ควรปลูกพืชอื่นสลับเพื่อตัดวงจรของโรค
8. ควรเก็บเกี่ยวหัวหอมแขกในช่วงที่มีความชื้นในอากาศต่ำ และไม่ให้ผลผลิตที่เก็บเกี่ยวถูกฝน
(กรมวิชาการเกษตร. 2553. เกษตรดีที่เหมาะสมสำหรับการผลิตหอมแบ่ง)

แมลงศัตรูพืช

การปลูกหอมแขกของเกษตรกรในพื้นที่ภาคตะวันออกเฉียงเหนือ ภาคเหนือ พบว่ามีแมลงศัตรูพืช ที่สร้างความเสียหายที่รุนแรงให้กับหอมแขก ได้แก่ หนอนกระทู้หอม (หนอนหลอดหอม) และเพลี้ยไฟ

หนอนกระทู้หอม
หนอนกระทู้หอมที่ตายด้วยชีวภัณฑ์
เพลี้ยไฟ

การป้องกันและจัดการแมลงศัตรูของหอมแขก
1. วิธีเขตกรรม ตั้งแต่การเตรียมดิน ได้แก่ ไถตากดิน ช่วยทำลายและจัดการตัวหนอนและดักแด้ในดิน การเก็บเศษซากวัชพืชหรือซากพืชที่เป็นอาหารของศัตรูแมลงต่างๆ 
2. วิธีกล สำรวจประชากรหนอนในแปลงเพื่อกำจัดและป้องกันการระบาด
3. ชีวภัณฑ์ป้องกันแมลงศัตรูพืช เช่น
-หนอนกระทู้หอม ใช้ไวรัสเอ็นพีวี (Nucleopolyhedroviral Virus: NPV) อัตราการใช้ 10-20 มิลลิลิตรต่อน้ำ 20 ลิตร หรือใช้แบคทีเรียที่มีจำหน่ายทางการค้า ได้แก่ Bacillus thuringenensis subsp. Aizawai หรือ subsp. Kurtaki อัตราการใช้ 20-80 มิลลิลิตรต่อน้ำ 20 ลิตร เป็นต้น
-เพลี้ยไฟ ใช้เชื้อราบิวเวอเรีย อัตราการใช้ ก้อนเชื้อสด 1 ถุง (200 กรัม) ต่อน้ำ 20 ลิตร หรือเชื้อแบบผง 1 ซอง ต่อน้ำ 20 ลิตร
4. สารเคมีป้องกันกำจัดแมลงที่มีประสิทธิภาพ เช่น
-หนอนกระทู้หอม ใช้อินดอกซาคาร์บ (15%SC) อัตราการใช้ 15 มิลลิลิตรต่อน้ำ 20 ลิตร หรือไตรฟลูมูรอน (25%WP) อัตราการใช้ 30 มิลลิลิตรต่อน้ำ 20 ลิตร (เลือกใช้ตัวใดตัวหนึ่ง)
-เพลี้ยไฟ ใช้คลอร์ฟินาเพอร์ (10% SC) อัตราการใช้ 30 มิลลิลิตรต่อน้ำ 20 ลิตร หรืออิมาเม็กตินเบนโซเอต (1.92%EC) อัตราการใช้ 20 มิลลิลิตรต่อน้ำ 20 ลิตร (เลือกใช้ตัวใดตัวหนึ่ง)

โรคพืช-แมลงศัตรูพืชของหอมแขก