Genome -Ceriops zippeliana

Ceriops zippeliana

Genome assemblies  Post Date: 18/10/2022

Local name: โปรงหมู

Location: Ranong, Thailand

Method: 10x assembly + RagTag scaffolding

Assembly level: Chromosome

BioProject: PRJNA734101

Genome sequence: JAHLKL000000000

Annotation Data (Download):  gff3, CDS, Protein 

Publication: A de novo reference assembly of the yellow mangrove Ceriops zippeliana genome

ลักษณะทางสัณฐานวิทยา (morphology) ของโปรงหมู; (ซ้าย) ลำต้น; (ขวาบน) ใบ; (ขวาล่าง) ฝัก

Genomic landscape ของโปรงหมู (Ceriops zippeliana); (I) physical map ของจีโนมโปรงหมูทั้ง 18 โครโมโซม เรียงลำดับตามขนาดของโครโมโซม (Mb); (II) ความหนาแน่นของลำดับเบสซ้ำ (Repeat density) บนแต่ละโครโมโซม; (III) ความหนาแน่นของยีน (Gene density) บนแต่ละโครโมโซม; (VI) ค่า GC content บนแต่ละโครโมโซมแสดงด้วยค่าร้อยละของเบส G และเบส C; (V) Syntenic regions ในจีโนมโปรงหมู 

แผนที่แสดงการกระจายตัวของประชากรโปรงหมู (Ceriops zippeliana) ในประเทศไทย; สัญลักษณ์วงกลมแสดงสัดส่วน Admixture ของโครงสร้างประชากรย่อย; (สีเขียว) โครงสร้างประชากรย่อยที่ 1; (สีน้ำเงิน) โครงสร้างประชากรย่อยที่ 2

Chloroplast genome

Accession: NC_061405.1

Type: circular

Length: 166083 bp

Publication: Comparative Analysis and Phylogenetic Relationships of Ceriops Species (Rhizophoraceae) and Avicennia lanata (Acanthaceae): Insight into the Chloroplast Genome Evolution between Middle and Seaward Zones of Mangrove Forests

คำอธิบายภาพ: แผนภาพ Chloroplast genome ของโปรงหมู (Ceriops zippeliana) โดยวงนอกสุดแสดงตำแหน่งที่ตั้งของยีนบน Chloroplast genome ยีนที่แสดงอยู่ด้านนอกของวงจะถูกถอดรหัสในทิศตามเข็มนาฬิกา ส่วนยีนที่อยู่ด้านในจะถูกถอดรหัสในทิศทวนเข็มนาฬิกา โดยยีนที่อยู่ใน functional group ที่ต่างกันจะแสดงด้วยสีที่ต่างกัน; แถบสีเทาเข้มแสดงค่า GC content ส่วนแถบสีเทาอ่อนแสดงค่า AT content ของจีโนม

Mangrove genome project
Genome assemblies