Genome -Bruguiera gymnorrhiza

Bruguiera gymnorrhiza

Genome assemblies  Post Date : 18/10/2022

Local name: พังกาหัวสุมดอกแดง

Location: Ranong, Thailand

Method: HiC assembly

Assembly level: Chromosome

BioProject:

Genome sequence:

Annotation Data (Download): gff3, CDS, Protein

Publication: Assembly of a hybrid mangrove, Bruguiera hainesii, and its two ancestral contributors, Bruguiera cylindrica and Bruguiera gymnorhiza.

ลักษณะทางสัณฐานวิทยา (morphology) ของพังกาหัวสุมดอกแดง; (ซ้ายบน) ดอก; (ซ้ายล่าง) ใบ; (ขวา) ฝัก

Genomic landscape ของพังกาหัวสุมดอกแดง (Bruguiera gymnorhiza); (a) physical map ของจีโนมพังกาหัวสุมดอกแดงทั้ง 18 โครโมโซม เรียงลำดับตามขนาดของโครโมโซม (Mb); (b) ความหนาแน่นของลำดับเบสซ้ำ (Repeat density) บนแต่ละโครโมโซม; (c) ความหนาแน่นของยีน (Gene density) บนแต่ละโครโมโซม; (d) ค่า GC content บนแต่ละโครโมโซมแสดงด้วยค่าร้อยละของเบส G และเบส C; (e) Syntenic regions ในจีโนมพังกาหัวสุมดอกแดง

แผนที่แสดงการกระจายตัวของประชากรพังกาหัวสุมดอกแดง (Bruguiera gymnorhiza) ในประเทศไทย; สัญลักษณ์วงกลมแสดงสัดส่วน Admixture ของโครงสร้างประชากรย่อย; (สีเขียว) โครงสร้างประชากรย่อยที่มาจากบรรพบุรุษฝั่งอ่าวไทย; (สีน้ำเงิน) โครงสร้างประชากรย่อยที่มาจากบรรพบุรุษฝั่งอันดามัน

Chloroplast genome

Accession: MW836111.1

Type: circular

Length: 161195 bp

Publication: Complete chloroplast genome sequences of five Bruguiera species (Rhizophoraceae): comparative analysis and phylogenetic relationships

คำอธิบายภาพ: แผนภาพ Chloroplast genome ของพังกาหัวสุมดอกแดง (Bruguiera gymnorhiza) โดยวงนอกสุดแสดงตำแหน่งที่ตั้งของยีนบน Chloroplast genome ยีนที่แสดงอยู่ด้านนอกของวงจะถูกถอดรหัสในทิศตามเข็มนาฬิกา ส่วนยีนที่อยู่ด้านในจะถูกถอดรหัสในทิศทวนเข็มนาฬิกา โดยยีนที่อยู่ใน functional group ที่ต่างกันจะแสดงด้วยสีที่ต่างกัน; แถบสีเทาเข้มแสดงค่า GC content ส่วนแถบสีเทาอ่อนแสดงค่า AT content ของจีโนม

Mangrove genome project
Genome assemblies